En 1910 se pone en marcha una Comisión de Estudios Históricos como entidad dependiente de la Junta para la Ampliación de Estudios, creada en 1907. La comisión estaba formada por: Eduardo de Hinojosa y Rafael Altamira, historiadores; Julián Ribera y Miguel Asín, arabistas; Ramón Menéndez Pidal, filólogo; Manuel Gómez-Moreno, arqueólogo.
Fue Francisco Giner de los Ríos quien insistió en incorporar a la Comisión a Gómez-moreno, en esos momentos radicado en su Granada natal tratando de consolidar un todavía incierto futuro profesional. Se traslada a Madrid y empieza a trabajar en la Comisión, de la que nacerá el Centro de Estudios Históricos, organizado en diferentes secciones. El granadino se hará cargo de la sección de Arte y Arqueología. Los responsables de sección debían planificar la temática y actividades de los cursos que iba a ofertar el naciente organismo. Desde el principio Gómez-Moreno plantea como tema de trabajo a desarrollar el arte español de los siglos X y XI, sobre el que venía trabajando desde que elaboró sus Catálogos Monumentales (en especial los de Zamora y León). Se trata de un campo de estudio inédito que servía para reivindicar un pasado histórico equiparable al de otros países europeos que venían construyendo sus historias nacionales, al tiempo que justificaba la puesta en marcha de un centro de investigación histórica privativamente español.
Elegido el tema empiezan a llegar los primeros matriculados: Leopoldo Torres Balbás, Juan Allende Salazar, Francisco de Paula Nebot y Vicente Lampérez. En junio de 1910 se inicia el curso con clases, en forma de tertulia, en las que los alumnos presentan y discuten los trabajos que van realizando. Esta forma de trabajo y enseñanza, mucho más dinámica y participativa que la ofrecida por la Universidad, pone en valor la acción colectiva (maestro y discípulos) en el nuevo marco de la investigación.
En ese pionero curso de 1910 pone en marcha una de las principales actividades formativas por las que pasarían sus alumnos: los viajes de estudio. A modo de ensayo organiza una primera excursión que tuvo por escenario la cercana provincia de Toledo, con visitas a Santa María de Melque y Santa Pedro de la Mata. Poco después se embarca con sus discípulos Allende, Torres y Nebot en el primer viaje científico impulsado por la JAE. Recorren tierras de Castilla, León, Galicia, Asturias y Cantabria. La excursión, agotadora pero muy fructífera, reafirmaba sin paliativos la existencia de un ciclo histórico y artístico en espera de ser bien estudiado y difundido por el naciente Centro de Estudios Históricos. En el invierno de ese año, junto a Torres y Nebot, recorre Andalucía. Más adelante se repite la excursión por Castilla y León junto a Torres y los neófitos José Moreno Villa y Eladio Oviedo. Se van sentando así las bases del futuro libro Iglesias Mozárabes.
