La colección de manuscritos en lenguas orientales de la biblioteca Tomás Navarro Tomás consta de 133 documentos, de los cuales 20 son hebreos, 33 son códices árabes, 42 aljamiados, 3 persas y 35 son carpetas de documentos sueltos procedentes de las encuadernaciones de los códices.
Por lo que respecta al fondo manuscrito hebreo de esta biblioteca, está compuesto por 20 manuscritos, algunos únicos.
Entre ellos se conserva un mahzor o libro de oraciones del siglo XV en pergamino y de procedencia española, o un rollo de Ester del siglo XVIII con escritura sefardí. Además, hay 7 contratos matrimoniales, uno de ellos en pergamino y decorado con iluminaciones, 4 amuletos y 3 fragmentos de rollos bíblicos.
El portal se completa con el fondo manuscrito en lengua árabe y hebrea que se conserva en la biblioteca de la Escuela de Estudios Árabes de Granada, constituido ciento treinta obras árabes distribuidas en setenta y cinco ejemplares, un códice misceláneo en hebreo sobre cábala con nueve obras y treinta y un documentos árabes granadinos y marroquíes.
La procedencia de una parte de la colección se remonta a los primeros años de andadura del instituto como unidad dependiente de la Universidad de Granada, cuando se impulsó la creación de la biblioteca con un fondo inicial procedente de la Biblioteca Provincial Universitaria y la de la Facultad de Filosofía y Letras, según recoge el Reglamento de la Escuela de Estudios Árabes publicado en la Gaceta de Madrid (nº 330, 25 de noviembre, 1932).
El resto de manuscritos se adquirió posteriormente, bien por compra (Mariano Gaspar Remiro en 1932 y familia Granados Montoro en 1986) o transferencia.