Se agrupan aquí un conjunto de documentos diversos que Rodríguez Marín fue acumulando a lo largo de su vida, producto de diferentes donaciones o compras.
E.I Archivo de Quirós de los Ríos: Se trata de un archivo dentro de otro archivo. Formado por documentación personal, notas de trabajo y documentos originales de los S. XVI y XVII, abarca la voluminosa colección que Rodríguez Marín recibió de la familia de Juan Quirós de los Ríos a raíz de su muerte, con el fin de que continuara su labor investigadora. Las notas de trabajo se refieren a temas de historia, literatura y lenguas clásicas, y los documentos originales se relacionan con escritores de los siglos XVI y XVII.
E.II Manuscritos de obras literarias y diversos: En su mayoría se trata de obras literarias de escritores contemporáneos de Rodríguez Marín, aunque también destacan algunas obras más antiguas.
E. III Epistolarios: Serie formada por dos colecciones: las cartas del Doctor Thebussem (Mariano Pardo de Figueroa) a Narciso Campillo (1869-89), donde al ingenio del texto escrito se suma la gracia de los sobres ilustrados por el autor, y una serie de cartas del poeta José Zorrilla al Capitán Esteban López Escobar (1883-89).
E.IV Documentos varios: Un conjunto de documentos aislados muy dispares, de los siglos XVI al XIX. Destacan por su curiosidad los billetes de Pedro del Hoyo, Secretario de Felipe II, referentes a un negocio de alquimia y con anotaciones marginales del Rey (1567), así como la relación geográfica de la ciudad de Lucena (1792), contestación al interrogatorio de Tomás López.
E.V Colección Azaña: Se trata de una voluminosa documentación que acompaña al manuscrito de la obra de Manuel Azaña "Vida de Don Juan Valera", escrita en 1925 y que fue Premio Nacional de Literatura en 1926. Formada por 9 legajos, esta colección se ha incluido en el inventario intacta, respetando absolutamente el orden de los papeles, que presumiblemente sería el establecido por Azaña. El primer legajo contiene diferentes borradores del texto de la obra, en los cuatro siguientes encontramos apuntes y notas de trabajo sobre la biografía y el estilo literario de Juan Valera, todos ellos de puño y letra de Azaña, y los últimos contienen cartas originales de Valera y familiares.
Esta obra nunca fue publicada en su totalidad, aunque se editó un resumen y algunos fragmentos en diversos artículos. Parece que Azaña quiso completar el texto de 1925, para lo que fue reuniendo apuntes y material de trabajo, pero nunca llegó a rehacerlo y finalmente perdió estos papeles, presumiblemente durante la Guerra Civil. El mismo lo aclara en una carta que escribe a Juan José Domenchina el 10 de febrero de 1940 : "Si el señor Cosío Villegas quiere editar dos o tres cosas mías, podríamos reimprimir Plumas y Palabras, después La Invención del Quijote, y finalmente un libro nuevo, que pudiera ser una colección de escritos nunca reunidos en volumen. No me atrevo a ofrecer todavía el Valera. Todo el material acumulado pacientemente para completar esta obra, se me ha perdido, sin esperanzas de recobrarlo ni posibilidad de rehacerlo, estando fuera de España. No obstante, todavía puedo aprovechar más lo que tengo y perfeccionar algunas partes de la obra, que de todos modos ya no podrá ser como yo quería. Este trabajo requiere algunos meses, y ahora me importan más otras cosas. Con estas indicaciones, ya podrá usted hablar con Cosío y decirme lo que ofrece".
Los documentos estuvieron en manos de Azaña al menos hasta 1937, ya que entre ellos aparecen dos hojas de audiencias al Presidente de la República, fechadas en Valencia, el 22 de junio y el 23 de agosto de ese año. Es imposible saber qué pasaría con ellos después y por qué llegarían a manos de Rodríguez Marín, quizá lo importante es que gracias a este hecho se han salvado los documentos y la historia vuelve a recuperarlos.
E.VI Colección Badía: Se trata de documentación referente al viaje a Arabia de Domingo Badía Leblich durante 1807. Este viajero barcelonés, enviado por el Gobierno español, realizó durante 1803-1807 una expedición de carácter científico y político a países de Africa y Asia, cuya etapa más interesante es el viaje a Arabia con objeto de visitar la ciudad de La Meca. Badía realizó esta empresa solitaria haciéndose pasar por árabe bajo el seudónimo de Ali Bey, nombre con el que publicó el relato de sus viajes por primera vez en París en 1814. Esta edición, en lengua francesa, fue más tarde la base para la traducción de la obra al castellano y catalán, ya que el original manuscrito de Badía se perdió.
Componen la documentación algunas notas autógrafas de Badía relativas a datos relacionados con el viaje, un plano del Harám o Casa Santa de la Meca, así como el texto completo del diario de viaje a Arabia, este último escrito de mano ajena, ya que fue una copia mandada hacer por el propio autor. Todos los papeles son duplicados de seguridad que Badía depositó en manos del Cónsul español en Alejandría en el transcurso de su viaje, fechados en 1807. Junto a estos manuscritos aparece como documentación adicional correspondencia de 1934: dos cartas de Pascual Gayangos al que fue Cónsul, José Camps y Soler, y la minuta de la contestación de éste. Gayangos pide información a Camps sobre Badía, en nombre de un grupo de jóvenes intelectuales catalanes que se interesan por la figura del famoso viajero.
El manuscrito, que constituye el texto auténtico redactado en castellano por Badía, guarda semejanza con el publicado en francés, a excepción de algunos matices y el orden de ciertos párrafos. No obstante se trata de una redacción más fresca, rica en construcciones en tiempo presente, en expresiones más íntimas y espontáneas.
Concluyendo la descripción de las colecciones documentales, hay que hacer referencia a una voluminosa documentación procedente de archivos de Osuna, que Rodríguez Marín salvó de la destruccción o bien tomó prestada para sus investigaciones, componiendo un total de 25 cajas que el CSIC ha entregado, bien en propiedad o en depósito, al Ayuntamiento de Osuna. Los documentos pertenecen a los siguientes archivos: Archivo Municipal de Osuna, Antigua Universidad, Protocolos y Actas Notariales, Colegiata de Osuna, Archivo Ducal del Estado de Osuna y archivo de Manuel Luis Romero.