En el Decreto de diez de febrero 1940, que regula el funcionamiento del recién creado Consejo Superior de Investigaciones Científicas (Ley de 24/11/1939) se menciona por primera vez el Instituto de Filología Clásica Antonio de Nebrija, incluido en el Patronato Marcelino Menéndez Pelayo. En este instituto se desarrollaban los estudios de filología hispánica y filología clásica hasta que en 1947 se produce una separación y los estudios hispánicos pasan a formar parte del Instituto Miguel de Cervantes.
Son muchos los investigadores que formaron parte del Instituto, pero mencionamos algunos que destacados por sus tareas de gestión, su relevancia científica o sus aportaciones a los estudios filológicos. Álvaro D’Ors, José Vallejo, Pascual de Galindo, Francisco Rodríguez Adrados, Manuel Fernández-Galiano o Elvira Gangutia, son algunos nombres relevantes.
La Revista de Filología Española y la revista Emerita se publicaron al amparo del Instituto Antonio de Nebrija hasta que en 1947 la Revista de Filología Española pasó al nuevo Instituto Miguel de Cervantes, manteniéndose Emerita como vehículo de expresión para la filología clásica.
Al amparo de este Instituto Antonio de Nebrija se publicó en 1946 la Miscelánea Nebrija, con un texto introductorio titulado “Homenaje y Estudio” en el que la Dirección del Instituto reconoce que “[…] en España, concretamente en Madrid, los estudios de filología […] se han realizado y amparado bajo el pabellón de Elio Antonio de Nebrija […]” Aunque la Miscelánea se publicó acompañada de un número I, nunca se llegó a publicar un segundo volumen. En ella participaron especialistas como Antonio Calderón y Tejero, M. García Blanco, Antonio Tovar, Mariano Basols de Climent, Ignacio Errandonea (S.I.), Felipe Mateu, Miguel Batllori (S.I.), Benito Sánchez Alonso, Antonio Marín Ocete, Antonio de la Torre, J. Mallon y Eduardo Junyent, entre otros.
En 1984 un nuevo cambio en la organización del CSIC crea el Instituto de Filología donde se reúnen todas las filologías: estudios clásicos, filología hispánica, estudios árabes y hebraicos, dejando de existir los institutos Antonio de Nebrija, Miguel de Cervantes, Miguel Asín y Arias Montano.
El Archivo del Centro de Ciencias Humanas del CSIC custodia el archivo del Instituto Antonio de Nebrija con sus 29 unidades de instalación. La documentación más representativa puede dividirse en tres grandes grupos:
• Dirección y secretaría: con series de correspondencia, actas de las juntas, certificados, memorias e informes, así como libros de registro;
• Gestión de los recursos económicos: con justificaciones de gastos, facturas y nóminas;
• Investigación y difusión: con documentos relacionados con proyectos investigación, publicaciones, seminarios, congresos y revistas.
El fondo se encuentra disponible para estudio e investigación si bien debido a las fechas de creación y a la necesidad de tratamiento técnico, se considera un archivo de acceso restringido.