La colección de manuscritos en lenguas orientales de la biblioteca Tomás Navarro Tomás consta de 152 documentos (20 hebreos, 33 códices árabes, 42 aljamiados, 2 turcos y 1 persa, además de carpetas de documentos sueltos procedentes de las encuadernaciones de los códices).
El fondo hebreo conserva un mahzor o libro de oraciones del siglo XV en pergamino y de procedencia española, un rollo de Ester del siglo XVIII con escritura sefardí, 7 contratos matrimoniales, uno de ellos en pergamino y decorado con iluminaciones, 4 amuletos y 3 fragmentos de rollos bíblicos. El resto son códices completos de obras de temas de cábala y mística o misceláneos. Todos ellos representan un interés por los documentos de los judíos sefardíes, ya que la mayoría tiene origen italo-sefardí o del norte de Marruecos.
El conjunto formado por los 42 manuscritos aljamiados, 23 códices árabes y las carpetas de documentos sueltos constituye la más importante colección en cuanto a su unidad compositiva; fue encontrado en 1884 en un falso techo de una casa en Almonacid de la Sierra. Desde su incorporación a la JAE en la primera década del siglo XX y más tarde al CSIC, esta colección ha merecido siempre la atención de científicos y bibliotecarios interesados en el patrimonio escrito de la Península Ibérica.
Ya en 1912 Julián Ribera y Miguel Asín publican la primera descripción. La mayor parte de los documentos se fechan en los siglos XVI y XVII. Además de esta colección la biblioteca Tomás Navarro Tomás conserva otro conjunto de diez códices árabes, dos turcos y uno persa. Estos documentos tienen diferentes procedencias y son de fechas más recientes, principalmente de los siglos XIX y XX.
El valor de una colección de estas características en España es incalculable: el abarcar varias lenguas utilizadas en España y en un mismo periodo de tiempo aporta a todo el conjunto un carácter de diversidad y unidad, siendo un reflejo del carácter multicultural de la sociedad de la Península Ibérica en época tardomedieval y moderna. Se trata de un fondo único de especial relevancia cultural para el estudio de las identidades y religiones existentes en ese momento en el territorio español, no existiendo otra colección en España de similares características, de interés tanto para historiadores como para filólogos. El CSIC ha emprendido con esta colección una política de conservación, protección y divulgación de su patrimonio que debe continuar.