El actual Archivo fotográfico del CCHS comenzó a conformarse desde la fundación misma, en 1910, del antiguo Centro de Estudios Históricos (CEH) de la Junta para Ampliación de Estudios (JAE), en la que pronto empezaron a funcionar las llamadas Secciones de Arte y Arqueología. No obstante, su verdadera fundación como entidad reconocible no tuvo lugar hasta el 13 de julio de 1931 (Gaceta de Madrid, nº 195, de 14-07-1931), fecha en que se publica un Real Decreto que encomienda a las secciones de Arte y Arqueología del CEH la formación del Fichero de Arte Antigua, para recoger y documentar todas las obras de arte anteriores a 1850 del territorio nacional. Debía informar preceptivamente de los expedientes de expoliación, venta o exportación indebidas y formar un inventario de las obras de arte destruidas o exportadas desde 1875.
El archivo se creó, gracias a Ricardo de Orueta, con una orientación profesional y científica, además de ser un instrumento administrativo encargado del estudio, protección y divulgación del patrimonio artístico.
El objetivo era ir conformando un gran archivo de datos documentales y visuales (fotografías, planos, etc.) sobre las obras de arte españolas y sus autores.
Su labor durante los años treinta fue continuada en el Instituto de Arte Diego Velázquez del CSIC, donde se conservó la colección existente, se favoreció su rápida organización, definición y ordenación, además de propiciar un llamativo acrecentamiento de sus fondos.
Según consta en las memorias del CSIC, el crecimiento del archivo en las primeras décadas fue muy estable y se incrementó con fotografías realizadas para proyectos de investigación, con adquisiciones de fondos o con legados de artistas y de científicos especializados en arte. Los años sesenta y setenta no trajeron demasiadas novedades sobre la estructura del Fichero-Archivo fotográfico, que continuó recibiendo algunos legados, aumentando sus colecciones en consonancia con las investigaciones que se llevaban a cabo en el Instituto e incidiendo en algunos aspectos, como el del arte iberoamericano. Del mismo modo, en las siguientes décadas hasta finalizar el siglo, se dejarían notar los múltiples cambios de orientación y reestructuraciones sufridos por el CSIC, que finalmente, ya en la primera década del siglo XXI, llevarían a integrar el Archivo Fotográfico en el Instituto de Historia y, por último, en el Archivo del Centro de Ciencias Humanas y Sociales del CSIC dentro de la Biblioteca Tomás Navarro Tomás.