El fondo Marcos Jiménez de la Espada reúne materiales documentales, textuales e iconográficos, relacionados con las actividades científicas de un notable naturalista y geógrafo y uno de los más importantes historiadores americanistas en la Europa del siglo XIX.
Como naturalista participó activamente en la Comisión Científica del Pacífico, la más importante expedición científica ultramarina española del siglo XIX, realizando estudios zoológicos y geológicos y observaciones antropológicas. El fondo conserva su diario de viaje, donado por sus descendientes, y una valiosa colección de medio millar de fotografías relacionadas con ese viaje, varias de ellas únicas.
También mapas y dibujos, fundamentalmente de carácter arqueológico y etnográfico, muy apreciados en la actualidad. [Así lo revela el que la investigadora norteamericana Lily Litvak haya elegido la acuarela del volcán Sumaco, efectuada por Jiménez de la Espada durante su exploración del oriente del Ecuador, para ilustrar la portada de la segunda edición de su libro El ajedrez de estrellas].
Como geógrafo e historiador llevó a cabo una importante labor de investigación. Editó fundamentalmente documentos de la época colonial, estratégicos para el conocimiento de la naturaleza y de las culturas americanas, particularmente andinas y amazónicas.
Los documentos de este fondo prueban la importancia de las relaciones científicas y culturales habidas entre España y la América latina durante la segunda mitad del siglo XIX.
Asimismo el fondo reúne parte del archivo de su hijo Gonzalo, un pedagogo vinculado a la Institución Libre de Enseñanza y a la Junta para Ampliación de Estudios, quien durante su estancia en Tokio a principios del siglo XX sentó las bases del hispanismo japonés.